跑步腿疼、膝盖疼，多考虑以下几点方面原因：

第一点，多考虑是运动过量所导致的相关症状，建议改善患者生活方式，以休息为主，同时，加以热敷，必要时，可给予非甾体消炎药、活血化瘀药、局部理疗药物进行治疗，一般来说，5到7天，相关症状可以缓解。

第二个方面，多考虑是腰椎间盘突出，压迫神经根而导致相关神经压迫症状，这种情况下，建议行腰椎正侧位片、腰椎核磁共振、四肢肌电图检查，明确相关诊断。一般先以药物和改善患者生活方式进行治疗，看看相关症状是否缓解，必要时，多考虑进行手术，解除神经压迫进行治疗，越早治疗，对患者的预后越好，一般问题不大。