黄体功能萎缩不全主要是由于下丘脑、垂体卵巢轴调节功能紊乱或溶黄体机制失常引起黄体萎缩不全。

虽然月经周期有排卵，黄体发育良好，但黄体萎缩过程延长，导致子宫内膜持续受到孕激素的影响，以至于不能如期完整脱落，出现了子宫内膜不规则脱落的现象。可表现为月经周期正常，但经期延长，长达九到十日，而且出血量多，基础体温呈双向型，但下降缓慢。在月经周期的第五到六日进行刮宫时，仍然可以见到分泌反应的阴道子宫内膜常表现为混合型子宫内膜。