乳腺囊肿疼痛多不显著，与月经周期关系不甚密切。偶尔有同乳腺增生症一样的疼痛，疼痛可以有多种表现，如隐痛、钝痛或针刺样疼痛，一侧或双侧同时伴患侧胸、背及上肢的疼痛，疼痛可以是持续性也可以是周期性，但不规律的乳痛是本病的特点。

乳痛多因早期乳管开始扩张时出现，囊肿发展完全时疼痛消失，疼痛也可能与囊内压力迅速增加有关。