巧囊和多囊是两个不一样的疾病，对怀孕都是有一定的影响，哪个难怀孕那没办法衡量。

巧囊是子宫内膜异位症，所以巧囊40%的患者有可能是不孕。多囊卵巢是一种内分泌失调的疾病，可以用激素类药物周期调整大多都能怀孕。但是多囊卵巢需要长期周期的服药。巧克力囊肿是不能治愈的疾病，属于一种慢性疾病。对女性来说，需要长期的管理。多囊卵巢对于每个女性都是需要长期管理的，青春期的时候维持正常的月经，生育年龄的妇女在促排卵的前提下改善生育功能，围绝经期的女性要注意防范子宫内膜癌的可能。