13岁的中学生小腿疼痛可能是因为剧烈的跑跳、劳累活动导致，或者是一些缺钙抽筋儿的情况。

具体疼痛的原因，建议去医院的骨科进行详细的检查，看一下疼痛的原因和程度。可以拍一个腿部的X光片看一下，有没有骨质一些病变或者是一些骨质疏松、缺钙等情况。如果是因为运动过度的话，注意休息，配合针灸、按摩等方法，一般就可以缓解。如果是缺钙的话，可以适当的进行补钙，多晒太阳，增加营养。