女性出现自然流产的原因有很多，病因主要包括胚胎因素、母体因素、父亲因素以及环境因素。

胚胎因素。主要是早期流产最常见的原因。包括染色体结构异常或者是数目异常。父亲因素包括精子的染色体异常可导致流产，环境因素主要是指接触过多有毒有害的化学物质以及放射线物质。母体因素包括全身性疾病，如严重的感染、高热、贫血、心衰、慢性消耗性疾病，生殖器存在异常，如子宫畸形、子宫肌瘤、腺肌症、宫腔粘连等。内分泌以及免疫功能存在异常，女性在妊娠期受到强烈的应激刺激，存在不良的生活习惯，比如吸烟、酗酒，过量的饮用咖啡等等。