乳腺囊肿良性，大多数情况下，是不需要治疗的，或者是有症状的时候，也只是对症治疗。除非乳腺囊肿体积非常大，导致患者出现非常明显的疼痛，或者是不适。包括具体的治疗方案，也有穿刺抽吸液体从乳腺囊肿排出，或者是开展手术将囊肿整体切除。经过穿刺抽吸或服药后，患者通常都可以获得良好的效果。

如果可疑病变在手术后发现有癌前病变或乳腺癌迹象，只需要按照相关的临床疾病标准方案开展后续治疗。内科药物治疗，也是调节患者的疼痛症状，比如对乙酰氨基酚、非甾体类抗炎药，以及调节体内激素水平。口服避孕药调节月经周期，可能有助于减少乳腺囊肿的复发。