轻微的毛囊炎通常会自行消退，尤其是个数少的细菌性毛囊炎，一般只需要观察或居家清洁处理即可；

严重的毛囊炎往往需要使用药物治疗，外用药方面针对细菌感染常用的外用抗生素有莫匹罗星软膏、夫西地酸软膏、复方多粘菌素b软膏、克林霉素凝胶等；针对真菌感染引起的，常外用的抗真菌药物有酮康唑乳膏、益康唑乳膏、特比萘芬凝胶。

如果感染比较轻，一般选择外用药物，如果病情严重比如出现发烧、扩散，反复或者肿痛明显的可以配合口服药物治疗。如果是毛囊炎发展为更大的疖或痈，医生可能会选择局部麻醉然后在无菌操作下切开病灶引出脓液。