一旦发现胚胎停止发育，经确诊后需要及时的进行处理，首先要保障孕妇的安全，选择适当的方法终止妊娠。终止妊娠的方法包括药物流产和刮宫术，药物治疗主要采用米非司酮联合米索前列醇进行药物治疗终止妊娠，手术治疗主要进行刮宫术，尽早使胎儿及胚胎组织排出母体，为了明确胎儿停止发育的原因，可以将妊娠组织送检，也可以进行胚胎染色体检查。对于反复发生胚胎停止发育并伴染色体异常，需要进行夫妻双方的染色体检查来明确病因。