13岁女孩三个月没来月经了。是由于青春期的女孩子，下丘脑，垂体，卵巢轴激素的反馈调节机制尚未成熟。

大脑中枢对于雌激素的正反馈作用存在缺陷。下丘脑和垂体与卵巢间尚未建立稳定的周期调节，所以月经不规律。可以表现为月经推迟或月经频发以及不规则的阴道出血等等。在月经初潮的最初几年内。有一部分女孩子的月经是不规律的。这虽然属于一种正常的生理现象，但是如果长时间不来月经，也应该到医院就诊，进行相关的检查。排除病理因素导致的月经推迟。