艾滋病药物有一定的副作用，可能会影响肝肾功能，有可能会导致转氨酶胆红素升高，有的患者会出现肾功能异常，导致肌酐尿素氮升高。有的患者还会出现消化系统症状，表现为恶心、呕吐、腹痛、腹泻等胃肠道反应，偶尔会有食管炎以及消化道溃疡的报道。有可能还会出现过敏反应，多为斑丘疹，红斑少数病人可有荨麻疹、血管神经性水肿、过敏性紫癜、系统性红斑狼疮等皮损表现。严重的患者会出现表皮剥脱性皮炎，但发生的概率极少，有的患者还会出现中枢神经系统症状，表现为头痛、头晕等。如果不能耐受，就需要调整相应的抗病毒药物。