巧克力囊肿可以做微创手术，手术指征有：第一、卵巢子宫内膜异位囊肿，直径大于等于四厘米。第二、合并不孕。第三、痛经经药物治疗无效。

手术以腹腔镜为首选，但手术后症状复发率较高，年复发率高达10%，故手术后应辅助药物治疗，并长期管理。巧克力囊肿是激素依赖性疾病，在自然绝经和人工绝经以后，异位内膜病灶可逐渐萎缩吸收。妊娠或使用性激素抑制卵巢功能，可暂时阻止疾病发展，典型的临床表现有继发性痛经进行性加重。