亚临床甲减可能导致流产，临床研究表明妊娠期亚临床甲减可导致早期自然流产。

亚临床甲腺功能减退是妊娠20周前流产了一个危险因素，早期治疗可以明显的降低流产率，而未接受治疗的亚临床甲减孕妇与甲状腺功能正常的妊娠妇女相比流产率增加了1.9倍，治疗后的亚临床甲减孕妇和正常的妊娠女性之间并没有差异，而且相对于单纯亚临床甲减的女性，亚临床甲减合并甲状腺自身免疫如抗甲腺过氧化物酶抗体和甲状腺球蛋白抗体阳性时自然流产率更高。因此妊娠期常规做甲状腺功能的筛查很重要，一旦发现存在亚临床甲减或者是临床甲减，应该及时治疗。