幽门螺旋杆菌经治疗后有可能会复发，但复发率不高，有部分人在根除幽门螺旋杆菌后复发。

复发率有地区、种族的差异性，西方发达国家复发率比较低，每年仅为百分之2%-3%，而在欠发达的地区复发率可高达每年10%-13%。复发有两种情况，第一种是因为根除不彻底，残留在体内的少量细菌死灰复燃，这种情况大多发生在治疗成功后一年内；第二种情况是再次感染了新的幽门螺杆菌。如果幽门螺旋杆菌复发建议再次给予治疗。