碘伏治疗扁平疣的效果较差，本病的治疗方法主要有外用药物治疗、物理治疗和系统药物治疗，其中临床多采用外用药物治疗和物理治疗。

系统药物治疗多用于皮损数目较多或久愈不治的患者，外用药物治疗适用于皮损较大且不易宜用物理治疗的患者，可选用0.05%到0.1%的维a酸软膏，每天1到2次外用，及5%的米奎莫特软膏，每周外用三次治疗，两个药物都有一定的疗效，物理治疗主要适用于皮损数目较少的患者，包括冷冻、电灼、刮除和激光等。系统药物治疗目前尚无确切有效的抗HPV治疗药物，可使用免疫调节剂，如干扰素、左旋米坐诊，还可用口服中药治疗，主要以清热解毒、散结为主要治疗。