自然流产的原因总共分为四大类，一是胚胎因素，二是母体因素，三是父亲因素，四是环境元素、胚胎因素，主要与染色体异常相关。母体因素可以和全身性疾病，比如感染、贫血、心衰一些慢性消耗性疾病相关；生殖器的异常，比如子宫的畸形、子宫肌瘤、腺肌病、宫腔粘连会影响到胚胎着床。其次还包括母体的内分泌因素、免疫功能异常和母体强烈应激，以及一些不良的生活习惯，比如吸烟、酗酒，过量的饮用咖啡、吸毒，而父亲因素主要是和精子的染色体异常相关，环境因素是说孕期接触了过多的放射线或者是一些有毒有害的化学物质。