在通常情况下，桥本氏甲状腺炎是可以通过药物来进行治疗的。注意在饮食中适当的摄入碘，因为碘摄入过多可能会促进甲状腺功能正常的疾病发展为甲状腺功能异常，因此甲状腺功能正常的桥本氏甲状腺炎应该适当的限制碘的摄入。

对于药物治疗如果患者合并有甲状腺功能减退者可以应用左旋甲状腺素来进行替代治疗，如果患者合并有明显的甲减，首先要进行系统全面的监测，也可以适当的补充激素，例如糖皮质激素，但是对于这些激素类应该短期的少量的进行应用，要预防长期吃激素应用以后产生的副作用。同时严重的桥本氏甲状腺炎，可以考虑适当应用手术进行治疗。