新生儿肠套叠的典型症状有阵发性哭闹不安，呕吐，腹部包块以及果酱样血便。

患儿突然出现阵发性有规律的哭闹，持续约10至20分钟，伴有手足乱动，面色苍白，拒食，异常痛苦表现，然后有5至10分钟或更长时间的暂时安静，如此反复发作。呕吐初为奶汁及乳块儿，以后转为胆汁样物，1至2天后转为带臭味的肠内容物，提示病情严重。患儿可在右上腹触及腊肠样，有弹性，稍活动，并有轻压痛的包块，右下腹一般有空虚感，肿块可沿结肠移动。患儿发生便血者可高达80%以上，家长往往以便血为首要症状就诊，多发生在发病后6至12小时排血便。早者可发生在3至4小时后即可出现，为稀薄粘液或胶冻样果酱色血便。