宫颈腺体囊肿绝大多数情况下是宫颈的生理性变化。

主要是由于子宫颈转化区内鳞状上皮细胞取代了柱状上皮细胞的过程中，新生的鳞状上皮覆盖了子宫颈腺管口或者深入腺管内将腺管口阻塞，导致腺体分泌物引流受阻，也就潴留形成囊肿或者是由于子宫颈局部损伤，子宫颈慢性炎症导致子宫颈的腺管口狭窄，同样出现了分泌物受阻的情况，潴留就形成了纳氏囊肿，通常情况下子宫颈腺体囊肿是不需要特殊处理的，需要注意的是深部的子宫颈腺体囊肿在子宫颈表面可能看到任何异常，仅表现为子宫颈肥大，出现了这种情况，还是需要进行宫颈筛查的。