在理论上，巧克力囊肿并不会发生癌变。

因为巧克力囊肿主要形成的原因，考虑是子宫内膜异位形成的囊肿，属于一种良性病变，手术切除后的病理可以看到没有明显的异型细胞。但是长期的巧克力囊肿，比如有十年，15年或者20年，会发现巨大的巧克力囊肿一直留在体内，如果没有手术的话，就不能绝对排除以后不会发生癌变的可能。虽然说癌变率极低，不超过1%，如有的病人囊肿很早就发现了，几十年前就有，但是某一天囊肿突然增大，往往不能确定良恶性。只有切除后送病理检查才能最终分辨，所以在临床上发现超过五厘米的巧克力囊肿，都应该及时摘除，免除后患。