怀孕三个月腰疼的厉害的话，大部分考虑有可能是由于泌尿系的异常，比如说是输尿管的痉挛，泌尿系的结石或者是泌尿系的感染，泌尿系的积水等等。

一般情况下怀孕三个月，如果出现腰疼的厉害的话，建议尽量的及早的到医院就诊检查，一般情况下，需要及时的完善超声的检查，包括泌尿系的超声以及宝宝的超声检查，如果说有特殊的情况可能需要及时的给予相关的处理，比如说如果泌尿系有异常。需要尽量的及早的到泌尿外科就诊检查，并给予相应的治疗，而且一定要注意，尽量的好好休息，不要同房，不要剧烈运动，避免颠簸，避免提重物，避免久蹲久站久坐 一定要注意，尽量的减少压迫。